Villa Cenacolo si trova nel Comune di Lentate sul Seveso, in Provincia di Monza e Brianza, in direzione nord, verso Como. E’ collegata da Piazzale Maciachini con la superstrada Milano-Meda-Como, uscita n° 14 (Lentate sud).
Dista circa 20 km da Milano ed altrettanto da Como.
La Villa è inoltre facilmente raggiungibile da Como, dalla Brianza e dalla Provincia di Varese, essendo il Comune di Lentate centrale rispetto a queste aree.
Sono disponibili i trasporti pubblici:
- linea bus Milano – Cantù, con partenza dalla Stazione Porta Garibaldi;
- linea ferroviaria FFSS Milano – Como – Chiasso, fermata Camnago – Lentate, a circa 1 km dalla Villa.
- linea ferroviaria FNM Milano – Seveso – Asso, fermata Seveso e quindi con pullmann collegato con Lentate (fermata a 50 m. dalla Villa)